Het verhaal van Parallel speelt zich af duizenden jaren in de toekomst, maar het begint op Aarde in het heden of in de nabije toekomst. De planeet Aarde raakt uitgeput en energie is een schaars goed. Wetenschappers, wanhopig op zoek naar een oplossing, proberen een nieuw type splijtingsreactie die gebruik maakt van anti-materie. Het experiment mislukt en veroorzaakt een wereldwijde ramp genaamd "The Event". Een nieuw soort straling begint zich over de planeet te verspreiden, waardoor miljarden mensen en dieren sterven.
De mensheid wordt geconfronteerd met een gebeurtenis op het niveau van uitsterven. De resterende tijd wordt besteed aan de bouw van drie ruimteschepen, bekend als de Genesis-schepen, om de overlevenden massaal van de planeet te halen. Eén schip gaat naar Mars, één naar Europa (de maan van Jupiter) en één naar de asteroïdengordel.
Duizenden jaren later is de mensheid nog steeds in staat om uitsterven te voorkomen, aangezien vijf afzonderlijke groepen die bekend staan als "Parallels" erin geslaagd zijn om te overleven. "De gebeurtenis" staat nu bekend als "The Priming" voor degenen die het overleefden. De Aarde is weer bewoonbaar geworden. Over de hele planeet is een nieuwe energiebron gevonden, bekend als "Prime". Dit leidt ertoe dat alle vijf de Parallellen in conflict zijn om de controle over de Aarde, aangezien elke groep zichzelf ziet als rechtmatige erfgenaam van de planeet.
De Earthen: Tijdens "The Priming," werd ontdekt dat sommige mensen een natuurlijke immuniteit hadden tegen de straling. Terwijl miljarden stierven, overleefden de immune mensen het. De Earthen zijn de afstammelingen van de overlevenden die op Aarde zijn achtergebleven. Ze zijn natuurgericht en hebben een diepe band met de natuur. Na honderden jaren leven op de sterk bestraalde planeet zijn de Earthens zo geëvolueerd dat ze de energiebron Prime kunnen manipuleren door alleen hun lichaam te gebruiken.
De Marcolian: Tijdens de Exodus reisde het schip genaamd Soleil Rouge (Rode Zon) naar Mars waar al een wetenschappelijke onderzoekskolonie bestond. De vluchtelingen van de Rode Zon voegden zich bij de kolonisten van Mars en vormden een nieuwe wetenschappelijk ingestelde en militair georiënteerde samenleving. De Marcolians zijn hun afstammelingen.
De Kathari: Artemis Proxima was een ruimteschip bestemd voor Europa, één van Jupiters manen. Op Europa bouwden de vluchtelingen een stad onder de ijzige schaal van de maan. Een terroristische daad vernietigde het vermogen van de kolonie om gewassen te verbouwen. De Kathari gingen over op genetische manipulatie om te overleven. Ze kopieerden voedsel en zelfs menselijke lichamen. De Kathari zijn de gekloonde afstammelingen van Europavluchtelingen.
De Augencore: Het derde schip dat vertrok tijdens de Exodus was de Fortitude. De missie van de Fortitude was om het voortbestaan van het schip nooit te binden aan één planetair lichaam, dus ging het schip van asteroïde naar asteroïde om grondstoffen te delven. Decennia lang eiste de lage zwaartekracht omgeving een tol op de ouder wordende lichamen van de bemanning, dus begon men te experimenteren met electieve chirurgische vergroting. Uiteindelijk werd mechanische lichaamsvergroting een standaard manier van leven op de Fortitude, die de naam "Caine-1" kreeg. De Augencore zijn de afstammelingen van de oorspronkelijke bemanning van de Fortitude.
De Shroud: Lang voor "The Priming," was er een missie naar een aarde-achtige exoplaneet genaamd Kepler-1649c. Het schip dat op deze missie werd gestuurd was de "New Dawn". Tijdens de missie werd The New Dawn bedreigd door een zwart gat. De New Dawn ontsnapte aan het zwarte gat, maar waar het in de ruimte terechtkwam is een mysterie voor iedereen behalve de bemanning zelf. Toen de "New Dawn" eeuwen later terugkeerde, waren de inwoners voorgoed veranderd op onbegrijpelijke wijze. Ze werden bekend als "Shroud".