Die Geschichte von Parallel findet tausende Jahre in der Zukunft statt, sie beginnt jedoch in der Gegenwart. Auf der Erde neigen sich die natürlichen Resourcen dem Ende entgegen und Energie ist ein begehrtes Gut. Auf der verzweifelten Suche nach einer Lösung des Energie Problems probieren sich Wissenschaftler an einer neuen Art der Kernspaltung, welche Antimaterie verwendet. Das Experiment geht jedoch schief und endet in einer globalen Katastrophe, die im Anschluss als das „Event“ bekannt wird. Es breitet sich eine neue Art von Strahlung auf der Erde aus, was Milliarden von Menschen und Tieren ihr Leben kostet.
Die Menschheit steht vor dem Aussterberben und die knappe Zeit die ihnen noch bleibt investieren sie in den Bau von drei Raumschiffen. Diese so genannten Genesis ships sollen einen großteil der verbleibenden Überlebenden vom Planeten in Sicherheit bringen. Eines der Raumschiffe bricht auf in Richtung Mars, des zweite macht sich auf den Weg in Richtung Jupiters Mond „Europa“, während das Ziel vom dritten Schiff ein weit entfernter Asteroidengürtel ist.
So gelang es der Menschheit das eigene Aussterben zu verhindern. Tausende Jahre später haben sich fünf Gruppierungen gebildet, bekannt als die fünf „Parallels“. In den Nacherzählungen der Ereignisse, welche ihre Vorfahren erlebt haben, wird das „Event“ nun das „Priming“ genannt. Die Erde ist mittlerweile wieder bewohnbar geworden und über den gesamten Planeten verteilt kann eine neue Energiequelle namens „Prime“ gefunden werden. Dies führt dazu, dass unter den fünf Parallels ein Konflikt über die Kontrolle der Erde ausbricht, da jede Fraktion sich als rechtmäßigen Erbe des Planeten sieht.
Earthen: In der Folge des Primings stellte sich heraus, dass manche Menschen eine natürliche Immunität gegen die Strahlung besitzen. Während um Sie herum Milliarden der Katastrophe zum Opfer fielen, konnten sie die Katastrophe überstehen. Die „Earthens“ sind die Nachfolger der Überlebenden, die auf der Erde zurückgeblieben sind. Sie sind sehr natur-orientiert und haben eine starke Verbindung zu ihrer Umgebung. Nachdem sie Generationen auf dem stark verstrahlten Planeten verbracht haben, haben sie sich so entwickelt, dass sie die Energieressource Prime nur mithilfe ihrer Gedanken manipulieren können.
Marcolian: Das Raumschiff namens Soleil Rouge (Rote Sonne) brach nach dem Priming in Richtung Mars auf. Dort befand sich bereits vor der Naturkatastrophe auf der Erde eine Kolonie mit einigen Wissenschaftlern. Die Flüchtlinge an Bord der Soleil Rouge verbündeten sich bei ihrer Ankunft mit der bestehenden Mars Kolonie und bildeten eine Wissenschafts- und Militär-orientierte Gesellschaft. Die Marcolians sind ihre Nachfahren.
Kathari: Auf den Weg zum Mond Europa machte sich ein Schiff namens „Artemis Proxima“. Dort angekommen bauten die Flüchtlinge eine Stadt unter der Eis Schicht des Planeten. Durch einen Anschlag einiger radikaler Terroristen in ihren Reihen verlor die Kolonie jegliche Möglichkeit Essen anzubauen. Dies führte dazu, dass die Überlebenden auf das Klonen ihrer Ressourcen zurückgriff, was sie in Folge unfruchtbar machte. Somit blieb ihnen nichts anderes übrig als sogar sich selber zu klonen. Sie sind die Kathari.
Augencore: Das dritte Raumschiff, welches die Erde nach der Katastophe noch verlassen konnte war “The Fortitude”. Die Mission des Schiffes war es niemals an einen einzelnen Planeten angewiesen sein, um überleben zu können. Dementsprechend bewegte sich das Schiff und dessen Insassen immer von Asteroid zu Asteroid, damit Ressourcen abgebaut werden konnen. Das Leben in dieser Umgebung mit einer niedrigen Schwerkraft zeigte nach Jahren an Bord seine Auswirkungen auf die Crew der Fortitude. Dementsprechend begannen die Überlebenden ihre Körper chirogisch zu Verändern, wodurch schlussendlich Menschen mit mechanischen Körperteilen zur Norm wurden. Die Fortitude wurde zu “Caine-1” umbenannt und ihre Besatzung nennen sich “The Augencore”.
Shroud: Lange vor dem Priming wurde ein Raumschiff namens “New Dawn” losgeschickt um einen der Erde ähneldem Planeten mit dem Namen Kepler-1649c zu erkunden. Während dieser Mission begegnete das Schiff einem schwarzen Loch. Wie durch ein Wunder gelang es der Besatzung der New Dawn dem schwarzen Loch zu entkommen. Als sie jedochg Jahrzehnte später zurückkamen waren sie für immer Verändert. Sie wurden bekannt als “The Shroud”.