La historia de Parallel tiene lugar miles de años en el futuro, pero comienza en la Tierra durante el tiempo presente o en un futuro cercano. El planeta Tierra se está quedando sin recursos y la energía es un bien escaso. Los científicos, desesperados por encontrar una solución, prueban un nuevo tipo de reacción de fisión que utiliza antimateria. El experimento es un fracaso, provocando un desastre global llamado "The Event". Un nuevo tipo de radiación comienza a extenderse por todo el planeta, lo que provoca la muerte de miles de millones de humanos y animales.
La humanidad se enfrenta a un evento al nivel de la extinción. El poco tiempo que queda se dedica a construir tres naves espaciales, conocidas como las naves Génesis, para expulsar en masa a los sobrevivientes del planeta. Una nave se dirige a Marte, otra a Europa (la luna de Júpiter) y otra al cinturón de asteroides.
Miles de años después, la humanidad aún puede evitar la extinción ya que cinco grupos separados conocidos como Parallels lograron sobrevivir. The Event es conocido como The Priming por aquellos que sobrevivieron. La Tierra se ha vuelto habitable una vez más. En todo el planeta se encuentra una nueva fuente de energía conocida como "Prime". Esto lleva a que los cinco Parallels estén en conflicto por el control de la Tierra, ya que cada grupo se ve a sí mismo como heredero legítimo del planeta.
Earthen: Durante The Priming, se descubrió que algunos humanos tenían una inmunidad natural a la radiación. Mientras miles de millones murieron, los inmunes sobrevivieron. Los Earthen son los descendientes de los supervivientes que quedaron en la Tierra. Están orientados a la naturaleza y tienen una profunda conexión con el medio ambiente. Después de cientos de años de vivir en el planeta altamente radiado, los Earthen han evolucionado de tal manera que pueden manipular la fuente de energía Prime usando solo sus cuerpos.
Marcolian: Durante el Éxodo, la nave llamada Soleil Rouge viajó a Marte donde ya existía una colonia de investigación científica. Los refugiados de la Soleil Rouge se unieron a los colonos de Marte, formando una nueva sociedad de mentalidad científica y orientación militar. Los Marcolian son sus descendientes.
Kathari: Artemis Proxima era una nave espacial destinada a Europa, una de las lunas de Júpiter. En Europa, los refugiados construyeron una ciudad bajo el caparazón helado de la luna. Un acto de terrorismo destruyó la capacidad de la colonia para cultivar nada. Los Kathari recurrieron a la ingeniería genética para sobrevivir, replicando alimentos e incluso cuerpos humanos. Los Kathari son los descendientes clon de los refugiados de Europa.
Augencore: La tercera nave en partir durante el evento Exodus fue la Fortitude. La misión de The Fortitude era nunca vincular la supervivencia de la nave a un cuerpo planetario, por lo que la nave se movió de asteroide en asteroide en busca de recursos mineros. Durante décadas, el entorno de baja gravedad afectó a los cuerpos envejecidos de la tripulación, por lo que comenzaron a experimentar con desarrollos quirúrgicos electivos. Eventualmente, el desarrollo bio-mecánico se convirtió en una forma de vida estándar en The Fortitude, que pasó a llamarse "Caine-1". Los Augencore son los descendientes de la tripulación original de la Foritude.
Shroud: mucho antes de The Priming, hubo una misión a un exoplaneta similar a la Tierra llamado Kepler-1649c. La nave enviada a esta misión fue la New Dawn. Durante la misión, la New Dawn estuvo en peligro por un agujero negro. La New Dawn escapó del agujero negro, pero dónde terminó en el espacio es un misterio para todos menos para la tripulación. Cuando la New Dawn regresó siglos después, los habitantes habían cambiado para siempre de forma irreconocible. Se les conoció como “Shroud“.