Parallel sijoittuu tulevaisuuteen, tuhansien vuosien päähän, mutta tarinan juuret ajoittuvat jo aivan lähitulevaisuuteemme. Maapallon energia- ja resurssivarannot ovat loppumassa. Tiedemiehet yrittävät korjata tilanteen ja päätyvät kokeilemaan ennennäkemätöntä fissioreaktiota, jossa hyödynnetään antimateriaa. Kokeilu epäonnistuu katastrofaalisesti ja siitä seuraa surullisenkuuluisa tapahtumasarja. Tuntematon, vaarallinen säteilyaine leviää planeetallamme ja johtaa miljardien ihmisten sekä monien eläinlajien kuolemaan.
Ihmiskuntamme menehtyy lähes täysin. Jäljelläolevat voimavarat käytetään kolmen Genesis -avaruusaluksen rakentamiseen ja elossaolevia ihmisiä lähetetään ulkoavaruuteen. Yksi alus lähtee Marsiin, toinen Europaan, Jupiterin kuuhun, ja kolmas lähtee kohti asteroidivyötä.
Tuhansia vuosia myöhemmin ihmiset ovat eriytyneet viiteen eri kansaan, joista jokainen on yksi “Parallel”, kansakunta. Menneisyyden maapallon katastrofaalisiin tapahtumiin viitataan sanalla “The Priming”. Maapallo on taas asumiskelpoinen. Uusi energiamuoto, “Prime”, on löydetty ja sitä esiintyy nyt maapallolla kauttaaltaan. Kaikki viisi maapallolta lähtöisin olevaa Parallel -kansaa haluavat haalia Primeä itselleen keinolla millä hyvänsä, ja jännitteet kansojen välillä kiristyvät.
The Earthen: The Primingin aikana aivan kaikki ihmiset eivät kuolleet, sillä osalla ihmisistä oli luonnollinen vastustuskyky säteilyä vastaan. Earthen -ihmiset ovat näiden henkiinjääneiden jälkeläisiä. Earthenit asuttavat luontoa ja heillä on vahva yhteys elinympäristöönsä. Elettyään satoja vuosia säteilylle altistettuina, Earthenit ovat omaksuneet Primen osaksi elämäänsä; he pystyvät käsittelemään, hyödyntämään ja ohjaamaan Primeä kehollisesti.
The Marcolian: Yksi avaruusalus nimeltään Soleil Rouge (Punainen Aurinko) päätyi Marsiin, jossa asusteli jo ennestään joukko tiedemiehiä. Tiedemiehet ja pakolaiset yhdistivät voimansa ja alkoivat kehittämään uusia nerokkaita sotataitoja ja -aseita. Marcolianit ovat heidän jälkeläisiään.
The Kathari: Jupiterin Europaan lentäneen avaruusalus Artemis Proximan miehistö rakensi kuun jäisen kuoren alle uuden yhteiskunnan. Yhteisössä tapahtuneen terroristihyökkäyksen seurauksena alueella ei voinut enää viljellä mitään. Katharit opettelivat muokkaamaan ravinnonlähteiden geeniperimää ja kloonaamaan ruoanlähteensä, ravintonsa ja lopulta itsensä. Katharit ovat Europaan tulleiden pakolaisten kloonattuja jälkeläisiä.
The Augencore: The Fortitude -avaruusaluksen tavoitteena oli pysyä itsenäisenä, asumiskelpoisena yksikkönä jonka tehtävänä oli vaeltaa asteroidilta toiselle louhien lisää resursseja. Vuosikymmenten aikana painovoiman puute alkoi rappeuttaa miehistön kehoja ja lihasvoimia, joten he ryhtyivät parantelemaan itseään keinotekoisilla lisäosilla. Lopulta mekaanisesti parannelluista kehoista tuli uusi normaali elämäntapa. The Forituden nimi muutettiin, uusi nimi oli “Caine-1”. Augencoret ovat Fortituden miehistön jälkeläisiä.
The Shroud: Jo ennen The Primingin tapahtumia, The New Dawn -niminen avaruusalus lähetettiin tutkimusmatkalle kohti ulkoplaneetta Kepler-1649c:tä. Matkan aikana tehtävä vaarantui, kun avaruusalus oli lähellä joutumasta mustaan aukkoon. Alus onnistui välttämään katastrofin, mutta päätyi kuitenkin meille tuntemattomaan avaruuden tilaan. Vuosikymmenten jälkeen, palattuaan takaisin tuntemaamme avaruuteen, New Dawnin miehistön jäsenet olivat muuttuneet käsittämättömällä tavalla. Heidät tunnetaan nyt nimellä The Shroud.